ふるさと納税は公的な資金としてみなされますので休眠預金活用事業の自己資金としては使えません。
なお、以下リンク先に休眠預金による助成金と国等からの補助金の重複受領についての書類を掲載しておりますので、ご参照ください。
＞JANPIAウェブサイト｜休眠預金による助成金と国等からの補助金の重複受領について（外部リンク）
行政（国または地方公共団体）からの公的な資金（ふるさと納税を財源とする資金も含めた補助金または貸付金）を休眠預金を活用する事業に活用することは認められていません。一方で、休眠預金を活用する事業に民間からの資金（他の助成財団からの助成等を含む）を活用することは可能です。
そのような団体でも、新たに休眠預金を活用するにあたり別事業を立ち上げ、その事業に国の補助金が入らない場合は申請可能です。一方で、申請を考えている事業に国の補助金が入る場合は休眠預金活用事業の助成対象とはならず、また、既に国の補助金を受けている事業と同趣旨の事業を休眠預金活用事業に申請することはできません。
団体自体として、他の財団から助成金を受けていても問題ありませんが、休眠預金活用事業における条件がございますので、事前に個別相談やご質問相談フォームをご活用いただくか、事業開始後は資金分配団体はJANPIAの担当プログラムオフィサー（PO）に、実行団体は資金分配団体にご相談ください。
プログラムオフィサー関連経費（PO関連経費）の助成額上限は年間800万円（内、人件費は500万円）となっており、これを複数名分の経費とすることは可能です。
その場合には、経費対象となるすべての方にJANPIAが指定する研修を受講いただく必要があります。
PO関連経費は１団体当たり年間800万円を上限としています。初年度は、１年間の経費を基準として合理的な根拠（月割相当）に基づき加除するものとしています。詳細は積算の手引きでご確認ください。なお、判断が難しい場合には事前に個別相談やご質問窓口フォームをご活用いただくか、事業開始後はJANPIAの担当プログラムオフィサー（PO）にご相談ください。
団体の法律的なステータスによって扱いは変わります。例えば、NPO法人であればその資金を使って助成事業をするとなれば税務上、課税の対象になりませんが、株式会社（営利法人）の場合は注意が必要です。税務面の専門家にご相談いただければ、より適切な回答が得られると思います。
ただし、NPO法人であっても、この資金を使って事業を行い収入が発生した場合は課税対象となる可能性がありますのでご注意ください。
社団・財団・会社組織問わず営利型法人が資金分配団体となって自己資金を実行団体の助成に投入した場合、贈与と認定される可能性があり、損金計上ができないケースがあります。そのような事態を回避するために、事前に税務専門家や課税当局への照会をお願いいたします。
消費税込みの額で積算してください。なお、助成金の精算も税込みの金額で行います。
資金分配団体の理事等の役員が実行団体の候補団体の役員に就任している場合、候補団体の申請は不可とします。過去に兼職関係があった場合、退任後６か月間は、当該候補団体による実行団体への公募申請はできないものとします。